La asamblea es el cuarto cuerpo de gobierno permanente de la Iglesia Nacional Presbiteriana de México, en orden ascendente y representa a todas las iglesias locales, congregaciones, misiones, cuerpos eclesiásticos, instituciones de servicio, y organizaciones, pertenecientes a la Iglesia en todo el país y ejerce jurisdicción sobre todos los cuerpos de gobierno que la integran.

La Iglesia Nacional Presbiteriana de México, A.R. se rige y es dirigida por medio del más alto cuerpo de gobierno reconocido dentro del sistema presbiteriano y que oficialmente se denomina "RESPETABLE (R) ASAMBLEA GENERAL DE LA IGLESIA NACIONAL PRESBITERIANA DE MÉXICO, A.R.".

La R. Asamblea General tiene una mesa directiva, la cual estará integrada por:

Un Presidente
Un Vicepresidente
Un Secretario
Un Tesorero